SSR-GBS (Microsatellite analysis) 분석 서비스 

SSR 분자마커 신규개발 및 NGS를 이용한 대량 SSR genotyping  서비스를 국내최초로 시작합니다.

SSR(Simple Sequence Repeat) 또는 Microsatellite 분자마커는 SNP 분석과 더불어 다양한 생물종에서 가장 많이 사용되는 분자마커의 한 종류입니다. 그러나 SSR 마커 세트가 개발되어 있지 않은 경우, 다형성을 보이는 SSR 마커 세트를 선발하고 지노타이핑(genotyping) 을 실시하는 과정은 많은 노동력과 엄청난 시간이 소요되는 큰 어려움이 있습니다. SSR 마커의 장점을 살리면서 분석과정에서 수반되는 어려움을 해결하고자  ㈜씨더스와 지노타입㈜는 힘을 합쳐 NGS를 이용하는 SSR-GBS 분석 서비스를 구축하였습니다. 

SSR 분석의 목적 ?

SSR 또는 microsatellite는 유전체에 존재하는 2-10 bp 크기의 단순반복 염기서열로 매우 빈번하게 존재할 뿐만 아니라 변이 발생률이 높아 종이나 집단에서 특이적인 다형성(polymorphisms)을 분석하기에 유용한 염기서열이 특징적입니다.  NGS를 이용한 SNP 분석은 biallelic SNP 만을 사용하는데 비해 SSR은 반복서열의 횟수에 의해 다수의 변이를 만들어 낼 수 있어 적은 수의 SSR 마커로도 집단 유전연구, 유연관계 분석에서 좋은 결과를 얻을 수 있습니다

SSR-GBS 분석 방법 및 장점

SSR-GBS 기술은 NGS 장비, 생물정보분석 기술, 대량 multiplex PCR 기술이 접목되어 기존 전기영동 기반의 SSR 분석을 혁신적으로 개선하여 전혀 연구가 되지 않은 생물종에서도 SSR 분석의 장점을 이용할 수 있습니다. 정보분석 기술로 효과적으로 polymorphic SSR을 탐색하여 실험적 스크리닝 단계를  생략하고, 정교한 SSR 프라이머 설계로 multiplex PCR을 가능케 합니다. 씨더스는 다양한 SSR-GBS 연구설계 및 분석 경험을 축적하였고, 서열 생산 및 정보 분석, SSR 마커 선발 및 검정 서비스까지의 핵심 기술을 보유하고 있습니다. 1회 분석 시 최대 96개 SSR 후보를 검사하여 최대 96시료의 지노타입(genotype) 결과를 동시에 확보하는 것이 가능합니다. ​