유전적 다양성 및 집단 구조 분석 2 

Densitree 와 Phylogenetic tree 알아보기 

유전적 다양성과 집단의 구조 분석은 여러 방법을 통해 진행할 수 있습니다. 그 중에서도 Phylogenetic tree는 일반적으로 생물 종 간의 계층적 구조를 볼 수 있는 한 방법으로, 종 사이의 유연관계 및 진화적 관계를 나타내는 도표입니다. 유전자원 집단의 NGS data를 이용하여 SNP 마커를 확보하고, Phylogenetic tree 및 densitree 작성을 통해 유전자원 간의 유연관계를 시각적으로 확인할 수 있습니다. 

‘최적 조건의 tree’를 제안하는 Phylogenetic Tree

Phylogenetic tree 분석은 진화적 변화에 대한 모든 확률을 계산하여 최적의 tree를 그려주는 Maximum-likelihood 방법과 인접한 두 마커 서열을 비교한 결과를 이용하여 최적의 tree를 그려주는 Neighbor-joining 방법으로 분석할 수 있습니다.  결과적으로 연구자분들이 보유하고 계신 자원의 최적의 tree를 제안하고, 작성된 최적 조건의 tree로 해석을 진행합니다. 따라서 최적의 parameter와 마커선발이 결과에 중요한 point이겠지요?​ 

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‘Tree의 재현성’을 미세한 변화로 확인 할 수 있는 Densitree

Densitree 분석은 Bayesian과 bootstrap method 를 통한 반복 수행으로 tree를 작성하고, 계산된 tree 결과의 평균값으로 하나의 Consensus tree를 작성하여 tree의 재현성을 확인할 수 있는 정성적 분석 방법입니다. 역동적인 유전적 다양성을 표현하는데 적합해 보이지 않나요?

Densitree, Phylogenetic Tree의 결과가 보여주는 시각적 차이! 연구 결과 표현에 활용 해 보세요.