씨더스의 전사체 분석팀은 한국생명공학연구원의 권석윤 박사님 실험실과 공동연구를 통해 양배추(Brassica oleracea var. capitata L.)의 transcriptome de novo assembly를 통한 유전자서열조립을 주제로 PLoS ONE 저널에 2014년 3월 28일자로 등재되었습니다. 식물 분야에서 NGS 기술을 이용한 RNA-seq 의 최대 장점은 sequencing으로부터 도출되는 염기서열의 정보를 de novo assembly 기술로 reference gene을 확보할 수 있고, 이를 통하여 유전자 서열이 알려지지 않은 유전자의 발현 정도를 측정할 수 있는 매우 유용한 기법입니다.


 양배추는 경제적으로나 유전적으로 중요성이 높아서 많은 연구자들이 관심을 가지고 연구하는 종임에도 유전체나 유전자 정보가 전무하여 실제로 molecular research가 힘들었던 종이었습니다. 이는 2013년도 기준으로 NCBI에 등재된 양배추의 정보가 106 nucleotide, 24 EST, 57 protein만 검색이 되던 것을 보면 알 수 있습니다.


 이번에 발표된 논문은 양배추의 조직 샘플에서 총 40.5 Gb의 서열을 생산하여 de novo assembly 과정으로 53,562개의 유전자 loci를 예측하였으며, 알려진 식물 단백질과 비교했을 때 35,274개의 loci가 기존 식물의 단백질과 유사도를 보이며 평균적으로 1,419 bp의 길이로 존재함을 밝혔습니다. 또한 annotation된 유전자의 구조를 확인함으로써 annotation된 유전자의 34%에 해당하는 11,438개의 loci가 전장길이를 모두 포함한 full-length 유전자에 해당함을 보였습니다. 마지막으로 root, leaf, flower 조직에서 각각 특이적으로 발현하는 유전자를 RT-PCR로 규명하였습니다.


 이와 같이 RNA-seq는 관련 연구의 기본이 되는 유전자의 서열을 확보할 수 있으며 동시에 조직이나 스트레스, 병 처리와 같은 특정 조건 상태의 유전자 발현 정도도 동시에 측정할 수 있습니다. 저희 씨더스에서는 최신의 분석 기법과 고객의 데이터에 가장 효과적인 맞춤 분석을 통하여 최선의 결과를 드리고 있습니다.
 

 

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