NGS 기술의 개발은 유전체 분석의 가속화를 이끌어
현재 다수의 식물 유전체가 해독이 되었으며, 방대한 양의 신규 및 비교 유전체 정보,
이른바 빅데이터(Big data)가 생산되어, 이를 처리하기 위한 기술 개발이 요구되고 있습니다.
 
범세계적으로 표준유전체 해독과 같은 작물 유전체연구가 핵심집단, 육종 주요계통, 유전분석집단 등으로
빠르게 확대되고 있어, 효율적인 결과 활용전략이 매우 중요해지고 있습니다.
 
즉, 이러한 표준유전체 해독의 성과와 더불어
작물 유전체 연구가 신품종 육성에 활용될 수 있는 방향으로 확대되고 있으며
통합육종지원시스템 구축에 대한 필요성이 증가하고 있습니다. 
 
씨더스는 데이터 분석 결과를 차별화된 방법으로 해석하고 정리하여,
기존의 수치 위주의 결과가 아닌
이해하기 쉬운, 즉 시각적인 웹 데이터베이스를 구현하여 정보를 서로 공유하거나 소통할 수 있도록 해드리고 있습니다.

 

1. Genome 해석 DB

 새로운 Genome이 완성되면 유전체 정보를 활용할 수 있도록 genome을 해석한 데이터베이스를 구축합니다.
제공되는 데이터는 다음과 같습니다.
 
통합 Genome browser 구축
de novo assembly를 통해 생산한 scaffolds sequence 및  정보
생성한 scaffolds를 기반으로 예측된 gene, protein sequence 및 위치 정보
다양한 공개 database와의 annotation을 통해 얻은 정보 (ex:InterProScan)
GO(Gene Ontology), KEGG pathway 정보


 

(실 DB구축 예1) 배추 유전체, 전사체 정보 이용 통합 DB - genome browser 화면



 

(실 DB구축 예2) Cyanobacteria genome assembly 결과를 활용한 genome browser
 
 

2. 분자마커 실용화를 위한 DB > 육종 지원
 
 
먼저는 작물의 유전체 정보를 효율적으로 활용할 수 있도록 해석하여 제공하는 웹 인터페이스를 제공하고 있습니다.
특별히 유전체 정보와 형질관련 유용유전자를 제공함으로써
MAS (maker-assisted selection)와 MAB (marker-assisted backcrossing) 확립에 필요한 다양한 정보를 제공합니다.
유전체 정보와 육종 간 상호 소통 및 활용이 원활하도록
지원하는 가교역할을 수행할 것으로 기대하고 있습니다.

 

(실 DB구축 예3) TGsol (Translational Genomics for Solanaceae; http://tgsol.seeders.co.kr)
 

TGsol은 가지과 작물의 유전체 정보를 육종분야에서 활용할 수 있도록 해석하여 제공하는 특화된 웹 인터페이스입니다.
토마토, 감자 등 가지과 작물의 유전체 정보를 이용하
GAB (Genome Assisted Breeding)를 지원하는 웹 인터페이스를 구축하는 것을 목표로 하고 있습니다. 
 
토마토, 고추, 감자의 유전체 정보를 기반으로 한
MAB(Marker-Assisted Backcrossing), MAS (Marker-Assisted Selection), Genome browser,
Comparative analysis, Tool(BLAST 등)을 다룰 수 있는 메뉴가 제공되고,
목표형질인 병 저항성, 과실발달, 유용 대사산물의 공개된 문헌정보를 수집∙가공한 데이터 기반의 Marker 검색도구가 제공됩니다.
   
※ 농촌진흥청 차세대 바이오그린21사업(과제번호:PJ009063)의 지원에 의해 진행중임.
 

(실 DB구축 예3) TGsol - MAB 화면

 
 
 
 
3. Integrated Omics DB > (Genome + Transcriptome + Metabolome)
  
최근 NGS를 포함한 Genome + Transcriptome + Metabolome 과 같은 다양한 omics 데이터가 축적되고 있습니다.
이들 정보를 통합하고 활용도를 증진하기 위한 DB를 구축하여 드립니다.


 

(실 DB구축 예4) 버섯류 유전체, 전사체 정보 활용 통합 DB

 

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